Распылённость протестантизма на множество отдельных церквей и сект даёт возможность существования в нём организаций и лиц, придерживающихся различных взглядов. В современном протестантизме можно выделить четыре идеологических направления: модернизм, фундаментализм, неоортодоксию и «христианский коммунизм».
В XIX веке в протестантизме широкое распространение получила модернизация христианства, т.е. такое приспособление религии к науке, при котором совершается отход от ряда догматических положений. Протестантские модернисты допускали историческую критику Библии, идею прогрессивного развития общества и возможность усовершенствования человека. С модернизмом была связана и проповедь «социального евангелия», движения за «христианизацию социальных порядков».
В эпоху империализма с увеличением роли религии в капиталистической надстройке в протестантизме происходят серьёзные изменения. В США возникло весьма реакционное направление, известное под названием фундаментализма. Оно выдвинуло требование безоговорочного признания всех христианских догм, доходило до прямого отрицания науки. Если модернизм заигрывал с эволюционным учением, то фундаменталисты потребовали запрещения его преподавания. В четырёх штатах США были проведены антиэволюционные законы, в 1925 году в штате Теннесси фундаменталисты организовали нашумевший «обезьяний» процесс. Некоторые социологи находят много общего между фундаментализмом и Ку-клус-кланом. С 1919 года с организацией Всемирной ассоциации христианских фундаменталистов, фундаментализм стал международным движением.
После первой мировой войны в Швецарии и Германии среди протестантских теологов возникла «теология кризиса», или «диалектическая теология». Это одно из тех направлений в современной буржуазной философии и социологии, которые пытаются объяснить противоречия буржуазного общества как следствие «духовного кризиса человека» — кризиса в области морали, религии, вообще идеологии. «Теология кризиса» признаёт наличие кризиса буржуазного общества и видит свою задачу в объяснении природы этого кризиса с теологических позиций. Для неё характерен воинствующий антигуманизм, попытки свалить всё социальное зло на якобы греховную природу человека. Отсюда её требование признания во всём объёме христианского учения о «первородном грехе», о неизбежно греховной и трагической природе человека. «Теология кризиса» отрицает прогресс, специализируется на борьбе с марксизмом, клевещет на коммунистическое движение. Среди её представителей — Эмиль Брунер, Пауль Тиллих, Рейнгольд Нибур.
Но среди протестантских идеологов есть люди, сочувственно относящиеся к коммунизму, пытающиеся сблизить христианство и марксизм. Их взгляды во многом противоположны «теологии кризиса». Они считают, что всё, что служит прогрессу, находится в согласии с христианством, что построение справедливого общества возможно, что человек способен разрешить свои проблемы. «Марксизм в своих основах не находится в конфликте с христианством», — утверждает представитель этого направления англичанин Стенли Ивенс.
Это направление малочисленно. Большая часть протестантских идеологов в капиталистических странах стоит на позициях антикоммунизма и поддерживает политику империалистических кругов.