В основе протестантских направлений, непосредственно связанных с Реформацией, впоследствии возникли новые протестантские направления. В начале XVII века возник баптизм, сочетающий конгрегационализм в устройстве общины с крещением во взрослом состоянии. В Англии возникли организации квакеров, методистов. В США — адвентизм и секта «Христианская наука».